Genomics

Wir identifizieren Gene in Pflanzen, die für züchterisch bzw. ackerbaulich bedeutsame Eigenschaften verantwortlich sind. Dazu analysieren wir Genom-weit deren Expression auf der Ebene der Transkription. Hierfür eignen sich insbesondere vergleichende Fragestellungen: z.B. Hoch- vs. Niedrigproduzenten, oder resistente/tolerante vs. sensitive Sorten. Aus der Gesamtheit aller erfassbaren Gene einer Pflanze werden damit diejenigen identifiziert, die einen reproduzierbaren Unterschied ihres mRNA-Spiegels zwischen zwei oder mehreren kontrastierenden Phänotypen aufweisen. Der Fortschritt der Sequenziertechnik mit stetig wachsender Datenmenge bei gleichzeitig fallenden Kosten ermöglicht umfassende Analysen der Genexpression mit nie dagewesener Sensitivität und Genauigkeit. Die quantitative Analyse der zellulären mRNA-Trankripte per Sequenzierung ist inzwischen zu einem unverzichtbaren Werkzeug der sog. Transkriptomik geworden ist.

Für unsere Projekte arbeiten wir mit Pflanzenzüchtern/Produzenten/Sammlungen, Sequenzier-Dienstleistern und Bioinformatikern zusammen. Die Daten aus den vergleichenden Transkriptom-Analysen werden in unserem Labor ausgewertet und Kandidatengene über quantitative RT-PCR verifiziert und an weiterem, gut charakterisierten Pflanzenmaterial validiert. So landet man schließlich bei Genen und davon abgeleiteten Markern, die z.B. in der Pflanzenzüchtung oder für Diagnoseverfahren eingesetzt werden können.

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